Ngày 15/9/2009, Thủ tướng Chính phủ ban hành Nghị định số 77/2009/NĐ-CP quy định chức năng nhiệm vụ quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Công an. Theo đó, Bộ Công an kiện toàn lại tổ chức của Bộ và như vậy Tổng cục Hậu cần – Kỹ thuật được thành lập trên cơ sở sáp nhập của hai Tổng cục là Tổng cục Hậu cần (Tổng cục IV) và Tổng cục Kỹ thuật (Tổng cục VI)

Ngày 6 tháng 8 năm 2018, Thủ tướng Chính phủ Việt Nam Nguyễn Xuân Phúc đã ký ban hành Nghị định 01 có hiệu lực cùng ngày quy định chức năng nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Công an, theo đó Bộ Công an không còn cấp Tổng cục.